Soğuk Savaş sonrasında ittifakın tarihindeki en önemli kırılma 11 Eylül saldırıları ile birlikte gerçekleşti. ABD'nin Sovyetlere karşı yeşil kuşak projesinin bir parçası olarak özellikle Afganistan sahasında eğitip, donatıp kullandığı Cihatçılar şimdi stratejilerini değiştirmiş ve bizzat ABD'nin finansal ve askeri sinir uçlarını hedef almıştı. ABD'nin kullandığı bir enstrüman bumerang etkisiyle yön değiştirmiş ve ABD'yi tarihinde görmediği bir saldırıyla karşı karşıya bırakmıştı. Atlantiğin batı ucundaki ABD her iki büyük savaşta da coğrafi konumunun verdiği avantajdan sonuna kadar yararlanmış, müttefiklerinin yorulmaya başladığı bir dönemde savaşa dahil olarak hegemonyaya giden yolda büyük stratejik avantajlar elde etmişti. Ama savaşın ve tehditin değişen doğası ABD'yi bu avantajından da yoksun bırakmıştı.

İttifak kolektif savunma ve caydırıcılık üzerine kurulmuştu. Washington mutabakatına göre ittifakın bir üyesine yapılan saldırı hepsine yapılmış sayılacaktı. Ama o güne kadar bu meşhur 5.madde hiç çalıştırılmamıştı. 11 Eylül saldırıları üzerine ABD 5.maddeyi harekete geçirerek ittifakı kolektif savunmaya çağırdı. ABD'nin bu çağrısına ittifakın hiçbir üyesinin hayır diyebilme şansı yoktu. Bu çağrı ittifakın tarihi düşünüldüğünde bazı yenilikler doğuracaktı. Öncelikle tehditin sahası genişliyor ve alışık olunmayan bir coğrafya gündeme geliyordu. Sadece coğrafya genişlemiyor, tehditin niteliği de değişiyordu. Tehdit Avrupa'nın dışında ve konvansiyonel bir güçten gelmiyordu. Saha Afganistan görünür tehdit El Kaide, ama asıl hedef Afganistan'a hükmeden Taliban'dı.

İttifakın askeri gücü karşısında konvansiyonel olmayan bir gücün tutunabilmesi mümkün değildi. Kısa sürede Kabil ve çevresinde kontrol sağlandı, ancak Afganistan gibi zor bir coğrafyada tam anlamıyla bir kontrol mümkün değildi. Ayrıca bir savunma örgütü olan ittifakın karşısında şimdi yepyeni ve zorlu bir görev duruyordu: siyasal inşa yani devlet kurma görevi. Modern devlet inşa deneyimi sürekli kesintiye uğrayan, büyük güçlerin sürekli av sahası haline getirilmiş ve modern ulus bilincinin tamamlanmadığı bir yerde sıfırdan devlet inşası mümkün olamayacaktı.

Bu yıllar kapitalizmin tarihinde yeni bir küreselleşme dalgasına denk geldiğinden sermayenin kendine güveni yüksek, liberal enternasyonale inancı tamdı. Devir ihraç ile demokrasi inşa edilebileceği, ülkelerin yıkılıp yeniden yaratılabileceği motivasyonuna uygundu. İttifak içinde bu amentülere inanç bütünleşik değildi, ama kimseninde Amerikan İmparatorluğuna diklenecek mecali yoktu. Aynı şey Libya'da da denendi. İttifak kusursuz hava hakimiyeti ve operasyonel gücü ile Libya'da Kaddafi rejimini çok kısa bir sürede yıkmayı başarmıştı. Ama evdeki hesap çarşıdakine uymuş muydu? Bu sorunun cevabı koskoca bir hayırdır.

İttifakın Kabil'de başa getirdiği kukla Karzai'nin ülkenin tamamında istikrarı sağlayabilmesi mümkün değildi. Nato güçlerinin başındaki sivil kişi Türkiye'den gitmiş, eski Dışişleri Bakanı Hikmet Çetin'di. İttifak bu krizi yönetmekte başarılı olamamış ve tası tarağı toplayarak bir yirmi yıl sonra ülkeyi terk etmek zorunda kalmış ve üstelik iktidarı devirdiği güçlere bırakmak zorunda kalmıştı. Libya içinde aynı şey geçerliydi. Kaddafi devrilmişti, fakat ülke savaş ağalarının denetimine geçmişti. Ülke Tobruk ve Trablusgarb olmak üzere ikiye bölünmüştü. Başlarındaki savaş ağaları farklı farklı bölgesel ittifaklara yönelmiş ve ülke kaynakları talan edilmişti. İttifak müdahaleleri ile rejimler yıkılmış, ancak istikrar sağlanamamıştı.

Soğuk savaş sonrası dönem ittifakın resmi tarihinde kayda geçirilmemiş olsa da NATO 2.00 olarak adlandırıldı. Başlangıcında ittifakın doğu'ya açılması olan bu süreç Yugoslavya'nın parçalanması ve bu parçalanmanın yarattığı etkiyle karakterize olmuş ve ittifak bunun başını çekmişti. Milenyumla beraber ve asıl olarak da 11 Eylül ile büyük kırılma gerçekleşmiş ve ittifak daha geniş bir coğrafyayı ve kendine göre yeni tehditleri yönetmekle sınanmaya başlamıştı. Bu tehditler koleftif savunma kabiliyetini harekete geçirmiş olsa bile ittifakın tüm üyeleri için soğuk savaşın yarattığı motivasyonu sağlayamamıştı. Çünkü çıkarlar farklılaşıyor, tehdit öncelikleri değişiyor ve stratejik yönelimler başkalaşıyordu. Bir de küreseleşme dalgasının yarattığı sahte özgüveni sahaya yansıtabilmek çok zordu. Küreselleşme dünyayı düzleştirdiğini zannederken yüzeyler pürüz çıkarmaya devam ediyordu.